Рабби Исроэль Баал-Шем-Тов ушел из жизни в праздник Шавуот 6 сивана 5520 (1760) г. За некоторое время до своего ухода, Баал-Шем-Тов приказал петь нигун р. Михеля из Злочова. Когда закончили петь, Баал-Шем-Тов сказал: «Я даю обещание на поколения ваши, что где бы, когда бы и кто бы ни запел этот нигун, пробуждающий великое милосердие Всевышнего, с чувством пробуждения раскаяния, — услышу я это, в каком бы дворце ни находился. Есть ангелы, передающие знания и известия душам. Присоединюсь я к песне и пробужу великое милосердие к поющим ее, возвратившимся в раскаянии».
После этого он сказал, что у него есть выбор: чтобы произошло как с пророком Элияу, котоый «поднялся в смерче на Небеса», — но он не хочет терять то, о чем написано: «Ибо прах ты, и в прах возвратишься».
Сказал Алтер Ребе: «Шесть лет Баал-Шем-Тов отказывался раскрыться, и по этой причине убавлено было от его жизни шесть лет, и он «умер» на четвертый день (т.е. в среду) в который — на четвертый день Творения — «были повешены светила» — на первый день праздника Шавуот 5520 года, в возрасте 61 года, восьми месяцев и восемнадцати дней.
Баал-Шем-Тов похоронен в городе Меджибоже.
